Một ngày nọ, một chiếc gương trong phòng của Kokoro đột nhiên bắt đầu sáng lên trước mắt cô, vì cô đã mất chỗ ở trường và bị giam giữ trong phòng của mình. Cô bước qua tấm gương sáng để tìm một tòa nhà bí ẩn giống như lâu đài. Có bảy người ở trong hoàn cảnh tương tự như Kokoro.
Vào năm 2142, trái đất đang đứng trên bờ vực thảm hoạ diệt vong. Bầu khí quyển ô nhiễm trầm trọng. Lúc này, chính quyền các nước nghiên cứu, tạo ra Ecoban, một thành phố có khả năng "tự sinh trưởng", được xem như một con thuyền Noah thứ hai, giúp nhân loại tránh khỏi cảnh diệt vong. Nguồn thức ăn của Ecoban không gì khác ngoài sự ô nhiễm. Những tưởng mọi chuyện sẽ tốt đẹp nhưng chính sự thối nát của chính quyền Ecoban lại sẵn sàng tạo nên một thảm kịch mới.
Khi các thế lực hiểm ác đe dọa hòa bình của Britannia, một hoàng tử trẻ dấn thân vào hành trình nguy hiểm để cứu người thân cũng như khám phá sức mạnh thực sự của mình.
The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Lights old lab and based several designs off of Dr.Lights original, called "Megaman X." X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of General Sigma. It is their job to terminate rogue reploids, those who have become violent.
Anime nói về Kat “Gravity Queen” cùng Raven và Syd. Liêu họ có thể tìm ra manh mối về kẻ thù đáng sợ để làm sáng tỏ kết cấu của vạn vật?