Tại thành phố Nagasaki, câu chuyện diễn ra trong một thế giới nơi một lượng ma thuật nhỏ vẫn còn tồn tại trong cuộc sống hàng ngày. Hitomi Tsukishiro là một hậu duệ 17 tuổi của một gia đình phù thủy lớn lên với những cảm xúc, khi cô mất đi cảm giác về màu sắc từ khi còn rất nhỏ.
Marin và Urin, 2 chị em được gọi là "pure" sống trên biển. Nhưng họ luôn hướng tới 1 thế giới bên ngoài mặt biển, sâu trong đất liền.Một ngày nọ, một chiếc nhẫn rơi xuống giữa lòng biển xanh và Marin, Urin nhặt được nó. 2 người quyết định lần đầu tiên sẽ rời biển để tìm trả lại cho chủ nhân chiếc nhẫn. Sau một cuộc hành trình gian nan, họ đến 1 hòn đảo cô độc và ở đây có 1 cô bé cấp 3 sống.Cuộc gặp gỡ giữa 3 người - 2 miko của Biển và 1 miko của Bầu trời - làm thức tỉnh một sức mạnh tiềm tàng
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.
Hyuuga Saki và Mishou Mai đã gặp nhau ở khu rừng sau khi họ đuổi theo những ánh sáng kỳ lạ. 5 năm sau họ đã đoàn tựu dưới Sky Tree, nơi họ gặp Flappy và Choppy, hai tinh linh của Land of Fountains; họ bị truy đuổi bởi Akudaikaan, kẻ cai trị Dark Fall, kẻ đang chiếm lấy những đài phun nước đang duy trì sự sống củag World Tree. They give Saki và Mai đã biến hình thành Pretty Cure, để họ có thể chiến đấu với những thuộc hạ của Akudaikaan và phục hồi những suối nguồn.
Một phù thủy tên là Elaina trên đường đi chu du khắp thiên hạ phiêu lưu. In a certain place, there was a traveler witch. Her name was Elaina.