Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Cốt truyện xoay quanh Kaga Ryosuke một nam sinh trung học co đầu óc đen tối. Một ngày nọ anh gặp một cô gái xinh đẹp tên Lisara Restall đứng dưới mưa một mình và Ryosuke quyết định giúp cô nhưng sau đó anh mới biết cô là một tử thần người đang thực hiện nhiệm vụ là tìm một người đặc biệt và cô đã lập giao kèo với anh bằng việc đâm một thanh kiếm ma thuật vào Ryosuke
Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt
trong tương lai gần khi từ nền văn hóa hip-hop bão hòa và nảy sinh ra một làn sóng mới được gọi là "Phantom Live". Tại đây, loài người đã sử dụng thứ được gọi là "kim loại ma" gắn liền với các phụ kiện, các rapper thì tạo ra "illusions" (ảo ảnh) gắn với cảm xúc thông qua phản ứng hóa học của kim loại vào DNA.
Những cô gái sống tại một thành phố nhỏ đã thực hiện một nghi thức đặc biệt. Họ là những cô nàng đến từ câu lạc bộ Crystal Radio - một câu lạc bộ thú vị, nơi cô nàng Asuka Tsuchimiya dành những ngày tháng vui tươi bên bạn bè mình.