Trước khi xóa sổ loài người khỏi thế giới, các vị thần cho họ cơ hội cuối cùng để chứng minh họ đáng được sống. Đã đến lúc Đại chiến người và thần bắt đầu!
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Khi còn nhỏ, Makoto có một sức mạnh kì lạ cho phép cậu đọc được ký ức về thứ mà cậu chạm vào. Ẩn đi sức mạnh không thể kiểm soát của mình, Makoto làm việc trong lực lượng cảnh sát. Một ngày nọ, trong khi điều tra một vụ nổ tại một phòng thí nghiệm nghiên cứu một chất chưa biết tên là “XM”, Makoto ta thấy một ký ức bí ẩn.
Trước tình hình những nguồn năng lượng lỗi thời đã trở nên cạn kiệt, nhân loại đã tìm ra một nguồn năng lượng mới để thay thế: một hệ thống năng lượng mặt trời với ba thang máy quỹ đạo. Tuy nhiên chỉ một vài nước lớn và đồng minh của họ hưởng lợi ích từ hệ thống này Ba siêu cường quốc sở hữu ba thang máy quỹ đạo: The Union đặt cơ sở ở Hoa Kỳ; Human Reform League gồm trung Quốc, Nga và Ấn Độ; cuối cùng là Châu Âu AEU. Những siêu cường quốc này tiếp tục cạnh tranh với nhau về giá trị và sự phát
Thế giới Otomegame thật khắc nghiệt với nhân vật quần chúng. Leon, người từng làm công nhân ở Nhật Bản, được chuyển sinh vào thế giới "Otome", và tuyệt vọng khi nhận ra quy luật của thế giới này- là nơi mà phụ nữ mới là những người nắm quyền. Đàn ông dường như chỉ là vật nuôi, phục vụ như những hòn đá tảng cho phụ nữ ở nơi đây.