Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời
Để cứu mẹ, cậu bé tốt bụng và người bạn daemon nhỏ bé bắt đầu cuộc hành trình khắp Nhật Bản thời hậu tận thế khi các thế lực đen tối bám sát họ.
Kể về một tương lai không xa, android giống con người bắt đầu lan rộng trên toàn thế giới. Các công ty sản xuất android SA Corp sản xuất Giftia, một thể loại mới của Android có cảm xúc và phẩm chất con người. Tuy nhiên, do các vấn đề về công nghệ, các android khi qua một khoảng thời gian nhất định sẽ không được giữ lại nữa
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Khi còn nhỏ, Makoto có một sức mạnh kì lạ cho phép cậu đọc được ký ức về thứ mà cậu chạm vào. Ẩn đi sức mạnh không thể kiểm soát của mình, Makoto làm việc trong lực lượng cảnh sát. Một ngày nọ, trong khi điều tra một vụ nổ tại một phòng thí nghiệm nghiên cứu một chất chưa biết tên là “XM”, Makoto ta thấy một ký ức bí ẩn.