Từ xa xưa, vùng đất này là nơi sinh sống của những con thú có kích thước bằng ngọn núi giờ đã hóa đá. Mana tràn ra từ phần còn lại của họ, thu hút những người tìm kiếm sức mạnh của nó và các nền văn minh mọc lên. Mọi người đến để tôn kính những sinh vật sản xuất mana này, mà họ đặt tên là Những con thú nguyên thủy
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Sau thành công của OVA , sky girls giờ đây đã đc tái bản lại dưới dạng TV series gồm 26 ep bởi hãng J.C.Staff. Câu truyện nói về thời kì lần thứ 3 con người bị đe dọa và phải chiến đấu với kẻ thù có tên là Worms. mọi thứ vũ khí hủy diệt đã được dùng nhằm đánh bại kẻ thù, nhưng 10 năm sau worms đã trở lại một lần nữa. Sky girls là tên một tiểu đội gồm những cô gái đc đào tạo để điều khiển những cỗ máy mang tên Sonic Divers với nhiệm vụ đánh đuổi chúng.
Kuro, một con người thuộc thế kỷ 12, trốn chạy đến một ngọn núi sau khi để thua anh trai mình. Tại đây, anh gặp một người phụ nữ xinh đẹp kỳ lạ tên Kuromitsu. Kuro yêu Kuromitsu nhưng anh nhận ra, rằng cô có liên quan tới một bí mật nào đó. Kuromitsu là người bất tử, cô không chết (và cũng không thể chết), đã và vẫn tiếp tục sống hàng ngàn năm… cho đến xã hội Nhật Bản tương lai