Mỗi 243 năm sẽ có một trận Thánh chiến giữa Athena và Hades. Hades đã gửi Spectres đến ám sát Athena. Nhóm Seiya lại một lần nữa bảo vệ Athena và Sanctuary.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
kể về việc sau khi Tsubasa di chuyển từ São Paulo (Brancos trong anime) để Barcelona (Catalunya trong anime), Kojiro Hyuga được mua bởi Juventus (FC Piemonte trong anime). Tsubasa chơi rất tốt trong đào tạo, hiển thị tất cả các kỹ năng của mình, nhưng huấn luyện viên người Hà Lan Van Saal (Edward trong anime, lấy cảm hứng từ Louis van Gaal
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Hidan no Aria lấy bối cảnh là trường trung học Tokyo Butei, nơi đào tạo ra những thám tử được vũ trang Butei.Nhân vật chính Tohyama Kinji, sở hữu một thể trạng đặc biệt, có khả năng khởi động super mode khi bị kích thích. Anh ta cố gắng che giấu chuyện này để sống một cuộc sống bình thường, nhưng đời nó lại không được êm ả như thế sau khi anh trở thành nạn nhân của một cuộc đánh bom và gặp Aria H.Kanzaki