Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Ác quỷ Neuro luôn luôn thèm khát được ăn những bí ẩn. Ở địa ngục không thể nào thỏa mãn được cơn đói đó nên Neuro đã lên thế giới loài người nhằm tìm kiếm những bí ẩn.
Jahy-sama, trợ lý của chúa quỷ, là người được toàn thể vương quốc loài quỷ khiếp sợ. Trong một trận giao tranh với nữ pháp sư để bảo vệ vương quốc đang bị tấn công, viên ngọc huyền bí của Jahy-sama đã vỡ, kéo theo sự biến mất của ma thuật và toàn bộ vương quốc
Vào thời xa xưa, có một truyền thuyết về những con quỷ ăn thịt người luôn lãng vãng trong cánh rừng sâu. Vì điều này, người dân trong làng không bao giờ đi ra ngoài vào trời tối. Truyền thuyến cũng kể rằng có một Sát Quỷ Nhân luôn xuất hiện vào ban đêm để tiêu diệt những con quỷ khát máu này.
Ngày nọ, Keima nhận được một email mời cậu làm giao ước chinh phục tất cả các cô gái. Cậu chấp nhận vì nghĩ đó chỉ là một là thách thức, và một con quỷ từ địa ngục tên Elcea (tên thường là Elsie) xuất hiện. Cô yêu cầu cậu giúp thu thập các linh hồn chạy trốn ẩn trong mọi người. Thật ngạc nhiên, những linh hồn chỉ trốn trong trái tim của những cô gái, cách duy nhất để bắt chúng là phải chiếm được tình yêu của họ. Sau khi giải thích cho Elsie rằng mình chỉ chinh phục được các cô gái trong games,