Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Vì một vụ tai nạn máy bay bắt đầu từ hôm nay, chúng tôi dành cả mùa xuân của cuộc đời mình trên một hòn đảo sa mạc !! Không có gì ở đây, vì vậy chúng tôi phải làm mọi thứ !! Và ăn tất cả mọi thứ !! (Ugh!) Hãy xem câu chuyện sinh tồn của nữ sinh trung học của chúng ta về lòng can đảm và trí tuệ. Chúng tôi thực sự đang làm khá tốt!
Cha mẹ cô bé Chizuko Mikamo chết sớm, để lại cho cô gia sản kếch xù. Vì thế, bà cô độc ác hằng ngày đầu độc cô bé, với hi vọng cô sẽ từ từ lâm bệnh mà chết, để bà ta một tay hốt hết tất cả. Thế nhưng, một ngày nọ, siêu trộm lừng danh, biệt hiệu Kaijin Nijuu Mensou (Quái nhân 20 bộ mặt) đến viếng dinh thự nhà Mikamo, tuyên bố sẽ lấy cắp thứ đáng giá nhất trong nhà này, và đó chính là Chizuko. Từ đó, cô bé bước chân vào một chuỗi những cuộc phiêu lưu thú vị mà trước đó, cô chỉ dám mơ ước tới mà
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
được dựa trên các vấn đề liên quan đến vị bác sĩ Maverick rực rỡ tạo ra bởi nhà tiên phong manga Osamu Tezuka. Prequel này sau Black Jack khi anh vẫn còn là một sinh viên y khoa trong năm 1960.