Nhóm năm học sinh cao trung thân thiết với nhau tuy rằng có xuất thân, hoàn cảnh và con người khác nhau. Bỗng một ngày nọ, họ phát hiện ra 1 trong 5 người phải chịu khoản nợ đến 20 triệu yên; và chỉ có tham gia vào "Tomodachi Game" thì mới có thể trả hết nợ.
The story is set 10 years after Basilisk: Kouga Ninpou Chou in 1626. Câu chuyện xảy ra 10 năm sau bộ Basilisk: Kouga Ninpou Chou năm 1626
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
Rin Asougi có vẻ chỉ là một nữ nhân viên công sở bình thường, nhưng thực chất cô là một điều tra mật sẵn sàng nhận mọi công việc, từ việc tìm một con mèo thất lạc tới đột nhập một phòng thí nghiệm được canh gác cẩn mật. Hơn nữa, Rin còn bất tử, có khả năng chữa lành mọi vết thương. Cùng với Mimi và dòng họ Maeno, Rin vén màn những bí mật tăm tối nhất của xã hội, nhưng thứ mà Rin trốn tránh còn tội lỗi hơn rất nhiều.
Phòng học trống trải, ngày tháng buồn tẻ. Nó được cho là một kỳ nghỉ hè bình thường như bao kỳ khác. Đột nhiên, ngôi trường bắt đầu trôi qua một chiều không gian khác, và 36 chàng trai và cô gái bị bỏ lại ở đó, thức tỉnh khả năng siêu nhiên của họ. Giữa vòng xoáy của những câu hỏi lần lượt xuất hiện trong đầu, sự sống còn trong một thế giới siêu nhiên bắt đầu.