CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.
Khi ba nữ sinh Yuuko, Kaori và Michiyo nhận được một món quà bí ẩn là một chiếc váy đẹp với họa tiết hoa, họ vui mừng khôn xiết. Đó sẽ là cơ hội để họ tỏa sáng trước tình yêu của họ! Tuy nhiên, ít ai biết rằng món quà có vẻ ngọt ngào này lại mang theo lời nguyền.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Tương lai Future Card Buddyfight diễn ra trong một phiên bản tương lai hơn của ngày hôm nay. Các trò chơi thẻ kết nối với một vũ trụ song song qua thẻ đặc biệt (Buddy Thẻ Hiếm) đóng vai trò như các cổng. Họ mang theo những con quái vật đến Trái Đất để cho họ trở thành bạn thân với con người
Khi tôi đến, tôi nhận ra mình đang đứng giữa một nơi rộng lớn, 1 đồng bằng tuyết Tôi không biết và làm thế nào tôi đã có. Và thêm vào đó, tôi không thể nhớ bất cứ điều gì, ngay cả tên của tôi. Tôi đứng đó, chết lặng. Nhưng sau đó, một con quái vật khổng lồ đột nhiên xuất hiện, một sinh vật côn trùng bắt đầu phóng vào tôi