Life hasnt been fair to Koyomi Morishita. Even though shes in high school, shes so short that everyone assumes shes still in grade school. The boys and girls in her school tease her mercilessly, and shes not exactly graceful either. On the other hand, shes still better off than Yumiko, who has a magician trying to kill her. Or at least Koyomi was until their paths crossed!
Chuyện diễn ra tại 1 nơi mà con người đã làm chủ được bầu trời. Nơi đây tồn tại 1 chủng tộc người khác được biết đến dưới tên gọi Edel Raid. Họ ngoài hình dáng giống con người ra chỉ khác ở chỗ trên cơ thể họ có gắn thêm viên đá Erementar Gerad.
Tại một thành phố tối tăm, được biết đến là “Hole”, một nhóm các Ma pháp sư đã bắt người đi đường làm chuột bạch cho các “thí nghiệm” tàn bạo của hắc pháp. Ở một con hẻm tối, Nikaido đã tìm thấy Caiman, một gã đàn ông có cái đầu là động vật bò sát và một người có trí nhớ kém
Vào cuối thế kỷ 19, Allen Walker chính thức gia nhập tổ chức Exorcist và bắt đầu đi tiêu diệt các sinh vật được gọi là Akuma; vũ khí cơ khí do Thiên niên kỷ Earl với những linh hồn đau khổ của người chết. Allen có một con mắt bị nguyền rủa và vũ khí chống Akuma, mang sức mạnh của "Innocence", một món quà dành cho anh là một tông đồ của Chúa.
Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.