Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Chuyện kể vể một chú hề thích đấu bài và gánh xiếc của cậu ấy. Yūya Sakaki là một học sinh 14 tuổi có ước muốn trở thành một bài thủ chuyên nghiệp được nhiều người biết đến. Nhưng vào một ngày nọ cậu ấy đột nhiên tham gia vào một giải đấu Vô địch toàn thế giới.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Người mẫu nam Hazama Masayoshi có ước mơ trở thành một siêu anh hùng, mặc dù cậu không có siêu năng lực, cũng không có công cụ công nghệ cao hỗ trợ. Cậu lấy tên Samurai Flamenco và bắt đầu hành nghề trừ gian diệt ác, làm việc tốt bảo vệ công lí, nhân danh Sứ giả của Chính nghĩa. Masayoshi và anh cảnh sát Gotou Hidenori tình cờ gặp nhau trong một tình huống tréo ngoe, để rồi từ đó anh cảnh sát bị vướng vào vô số rắc rối. Hai con người trẻ tuổi phải đối diện với những thử thách gay do khi đi tìm
Biến dạng, đêm đen phủ đến vô tận.Nơi đen tối nuốt chửng tất cả mọi thứ, giành hết mọi thứ......được gọi là Cõi Vô Minh.Và nơi đó đã sinh ra......những dị sinh phản chiếu đậm nét sự tuyệt vọng và hỗn loạn của nhân loại. Chúng còn được gọi với cái tên... Imashime.