Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Được công bố vào cuối buổi kịch Legend of the Galactic Heroes năm 2014. Đây là bản làm lại mới của novel cùng tên với những staff mới.
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Trong câu chuyện này, Gaimetal, là một loại metal chứa rất nhiều nguồn năng lượng tinh khiết và nó được người ta phát hiện dưới độ sâu 50.000m dưới lòng đất vào năm 2047. Sau vụ đó mọi người đổ xô nhau đi đầu loại metal đó. Tuy nhiên, Gaist, một metal dạng sống với cơ thể được bao bọc bởi các Gaimetal đã xuất bắt đầu xuất hiện vào năm 2055 và bọn chúng đã tấn công người dân. Chục năm sau đó, năm 2064, Rekka, Hayato, Kurama, Siren là những người sở hữu Gaist Gear đã cùng nhau chống lại hơn 100
Ngày xửa ngày xưa (thật ra là chỉ khoảng vài 100 năm trước thôi), 7 búp bê tuyệt đẹp đã được một người tên là Rozen làm ra. Những búp bê này được gọi là Rozen Maiden, và chúng không chỉ xinh đẹp mà còn có thể hoạt động như người thường (và còn có phép thuật nữa). Tuy nhiên, Rozen đã bỏ rơi họ và đi đâu không ai biết. Những Rozen Maiden chỉ biết rằng muốn gặp lại cha, họ phải trở thành Alice, danh hiệu dành cho búp bê đẹp và hoàn hảo nhất. Và sau vài thế kỷ, những Rozen Maiden vẫn tiếp tục trò